本病无特效治疗。
1．营养
应予低胆固醇、低脂肪（＜40～50 g / d）、高碳水化合物和高蛋白饮食。肌肉注射维生素A、D、K，以补充脂溶性维生素的不足。给予钙剂、羟化维生素D3等，以防止骨质疏松。
2．免疫抑制剂
（1）糖皮质激素 泼尼松龙可减轻瘙痒、疲乏，改善肝功能，并可使肝组织学改变有所减轻；但易促进骨钙丢失。
（2）环孢素A 可改善瘙痒、疲乏等症状，使肝功能好转、AMA滴度下降、肝组织病变进展减缓，但毒副作用较大。
（3）硫唑嘌呤 有报道认为，硫唑嘌呤可减轻瘙痒，改善肝功能；但肝组织学改变无好转。但也有报道认为，该药用于本病治疗并无明显效果。目前一般已不用于PBC的治疗。
（4）氨甲蝶呤 可缓解症状；长期治疗，可使肝功能及肝组织学改变好转。( )但用药后起作用较慢，往往于用药6～10个月后始见疗效。用药期间，应密切观察血常规及肝功能改变。
（5）D-青霉胺与泼尼松龙联合治疗 D-青霉胺为金属离子络合剂，可络合组织铜，降低肝脏的铜含量。有研究显示，青霉胺能降低患者肝铜水平，但对本病症状及肝生化检查、肝组织学改变均未见疗效。据报道，D-青霉胺与泼尼松龙联合应用，可改善临床症状，并使血清胆红素、ALP、IgM等下降。但D-青霉胺的毒副作用较大，可引起皮疹、食欲不振、恶心、呕吐、白细胞及血小板下降及蛋白尿等，以致影响其临床使用。
3．抗肝纤维化药物
秋水仙碱有抑制胶原合成，提高胶原酶活性的作用。临床研究提示，秋水仙碱可改善PBC患者的肝生化检查；但不能阻止本病病情的进展，对临床症状及患者的生存率均未见明显疗效。
4．抗淤胆药物
熊去氧胆酸（UDCA）通过以毒性较低的胆酸盐取代胆酸，使胆酸池的组分改善，以降低胆汁淤积时高浓度胆酸的毒性作用。同时，UDCA还具有免疫调节及肝细胞保护作用。临床研究表明，该药可改善患者的淤胆症状，降低血清胆红素、转氨酶、GGT、ALP及IgM水平。长期服用，可延缓PBC的病情进展，延长患者寿命，但肝组织病变无明显改善。
UDCA与秋水仙碱或泼尼松龙合用，可有协同作用。UDCA与秋水仙碱联合治疗效果不佳者，加用氨甲蝶呤后，可使肝脏的生化指标进一步改善。UDCA亦可与新免疫抑制剂rapamycin或mycophenolate合用。
5．瘙痒的治疗
本病除通过各种治疗措施减轻胆汁淤积、控制疾病进展外，常需给予解除瘙痒的药物治疗。考来烯胺于早餐前后各口服4 g是首选治疗。消胆胺是与胆酸结合的阳离子交换树脂，服用后可使瘙痒减轻或消失。近来有报道认为，阿片碱拮抗剂nalmefene、纳曲酮（naltrexone）等用于治疗瘙痒，疗效较好。
6．治疗肝硬化晚期并发征
如腹水、消化道出血、肝性脑病等。
7．肝移植
用于肝硬化患者。自身免疫病者，存活期多较短。